اولين دوره فعالیت سازمان نظام مهندسي كشاورزي و منابع طبيعي جمهوري اسلامي ايران در سال 1381 با تشكيل اولين شوراهای استانی،  شواری مرکزی و حكم رييس جمهور به اولين رييس سازمان آغاز شد. در تیر 1385 با شروع به کار شوراهای استانی، شوراي مركزي و انتخاب رييس جديد سازمان به كار خود پايان خواهد داد.
 قانون تأسيس سازمان در سال 1380 به تصويب مجلس شوراي اسلامي رسيد. عدم وجود تشکلی خاص برای دانش آموختگان بخش كشاورزي و فقدان واحد مشخص در جهت حفظ حقوق آنان و نياز به وجود تشکلی تخصصی که هماهنگي و همكاري بين شاغلين بخش را بعهده داشته باشد، قانون گزار را بر آن داشت تا با تصویب قانون زمینه را براي تأسيس یک سازمان صنفي تخصصي فراهم و با قرار دادن موضوع ‹‹ حفظ و حمايت از حقوق صنفي مهندسين كشاورزي ›› بعنوان يكي از وظايف سازمان نظام مهندسي كشاورزي و منابع طبيعي حمایت ا زحقوق صنفی آنان را عینیت بخشد.
- ارتقاء سطح دانش
- ارتقاء اخلاق حرفه اي
- افزايش كمي و كيفي محصولات كشاورزي با استفاده از توان علمي دانش آموختگان بخش كشاورزي و پتانسيل هاي موجود كشور
- نظارت بر حسن اجراي وظايف فني و حرفه اي اعضاء
و صدور خدمات كشاورزي به خارج از كشور نيز از جمله وظايفي است كه بر عهده اين تشکل غير دولتي قرار داده شده است.
طبق برآوردهاي آماري اوليه 150 هزار نفر دانش آموخته رشته هاي كشاورزي در بدو تأسيس سازمان در كشور وجود داشت كه شوراي مركزي در برنامه چهار ساله مصوب، براي عضويت هشتاد هزار نفر از آنان هدف گذاري و برنامه ريزي نمود.
زمينه سازي براي اشتغال 25000 نفر طي برنامه چهار ساله با توجه به نرخ بالاي بيكاري دانش آموختگان بخش كشاورزي مدنظر قرار گرفت.
 آموزش اعضاء بميزان 198000 نفر، روز نيز در افق چهار ساله پيش بيني شد.
در طول مدت چهار سال ضرورت داشت همگام با سازماندهي این تشکل تازه تأسيس، برای اداره يك تشكيلات سراسري قوانين و مقررات مورد نياز تدوين گردد.
 ايجاد اعتبار و هويت براي اعضاي اين صنف گرانقدر نيز با حضور در مجامع تخصصي، اجرايي و رسانه ای در دستور كار قرار گرفت.
 با تلاش گسترده شوراي مركزي، شوراهاي استاني، همكاران سازمان و حمايت
دست اندركاران فرهيخته بخش در اين مدت قریب به هفتاد هزار عضو حقيقي و حقوقي به عضويت سازمان پذيرفته شدند و زمینه برای اشتغال بيش از هیجده هزار نفر فراهم گردید و همچنين در سالهاي 1382 تا 1384 ، 243328 نفر روز آموزش براي ارتقاء توانمندي علمی اعضاء برگزار گرديد.
تشكيل صندوق تعاون و رفاه و عضو گيري سراسري براي ارايه خدمات رفاهي و حمايت اقتصادي از اعضاء نيز در برنامه چهار ساله پيش بيني و با به عضويت گرفتن بيش از 9820 نفر از اعضاء در اين مجموعه اقتصادي رفاهي گامهاي اوليه در ارايه خدمات رفاهي به آنان برداشته شد.
 مهم ترین دستاورد تأسیس سازمان نظام مهندسي كشاورزي و منابع طبيعي در این مدت کوتاه  گرد هم آمدن دانش آموختگان فرهيخته بخش كشاورزي بعنوان يك پشتوانه علمي قوي براي فعاليتهاي اين بخش بزرگ و حياتي كشور بوده است. گرچه سختي كار اوليه، تولد و رشد این سازمان بزرگ صنفي تخصصي بخش كشاورزي در قالب اعداد و ارقام نمي گنجد اما تهيه گزارشي هر چند مختصر و مجمل مي تواند مخاطبين را به كارسترگي كه در اين چهار ساله انجام شد آشنا كند.
 تنظيم و تصويب برنامه چهار ساله اول سازمان در شوراي مركزي نشان از يك حركت
برنامه ريزي شده و هدفدار و از كارهاي سنجيده اين جمع پر تلاش براي جهت دهي كار سازمان مركزي و سازمانهاي استانها بوده است كه ميتواند مبناي ارزيابي كار سازمان در پايان دوره قرار گيرد.